Il Dipartimento di Storia delle arti visive e della musica è nato il 1° gennaio 1987, con la trasformazione in Dipartimento dell'Istituto di Storia dell'arte della Facoltà di Lettere e Filosofia.
Questo Istituto aveva già accolto al suo interno non solo i docenti delle discipline storico-artistiche della Facoltà di Magistero, ma anche l'allora unica disciplina musicologica, la Storia della musica.
L'Istituto di Storia dell'arte ricevette un grande impulso con l'arrivo a Padova di Giuseppe Fiocco: con lui si inizia la scuola padovana di storia dell'arte. Egli, vincitore di cattedra universitaria nel 1927, fu per un triennio a Firenze, quindi, soprattutto per i suoi interessi per l'arte veneta, accettò l'invito di trasferirsi a Padova, dove dal 1930 tenne la cattedra di Storia dell'arte medievale e moderna.
L'insegnamento di Storia dell'arte era stato tenuto, precedentemente all'arrivo di Fiocco, per incarico da Andrea Moschetti, e già esisteva l'Istituto di Storia dell'arte, che assunse una sua sistemazione edilizia, allora adeguata, con il trasferimento da via C. Cassan nel nuovo palazzo del Liviano, progettato da Gio Ponti.
Giuseppe Fiocco fu certamente il primo grande specialista della pittura veneta, ma fu anche interessato allo studio di altre culture: nei suoi corsi, soprattutto di storia dell'arte medievale, si soffermò, per esempio, su temi di grande scultura duecentesca (Nicola Pisano), dell'arte che allora si diceva "delle steppe", dell'architettura "esarcale". E inoltre ebbe il merito di aver sempre accettato allievi non solo dalla diversa mentalità (il che è ovvio) ma anche dai diversi interessi culturali e di diversa metodologia critica: basti pensare ai suoi eredi sulla cattedra padovana, Bettini e Pallucchini, che sono certamente di personalità e di metodologia critica assai diversificate sia rispetto al comune maestro sia tra loro due.
Nel 1943 Sergio Bettini, allievo "fiorentino" di Giuseppe Fiocco, e fino allora direttore del Museo Civico di Padova, vinse il concorso universitario di Archeologia cristiana, fu chiamato all'Università di Catania e dopo qualche anno ottenne il trasferimento a Padova: così per poco meno di un decennio l'Istituto ebbe due professori ordinari, il maestro e l'allievo.
A partire dalla fine degli anni '40 Fiocco volle che il suo insegnamento fosse articolato in due distinte discipline, Storia dell'arte medievale e Storia dell'arte moderna. In quei tempi soltanto due Università, Roma e Padova, avevano due insegnamenti storico-artistici distinti in medievale e moderna.
Bettini, che aveva tenuto per incarico vari insegnamenti, assunse anche quello di Storia dell'arte medievale e moderna, presso l'allora nuova Facoltà di Magistero, insegnamento che passerà successivamente a Camillo Semenzato, prima come incarico poi come cattedra.
Il 31.10.55 Fiocco venne posto fuori ruolo e con il 1°.11.55 Bettini diventò ordinario di Storia dell'arte medievale. Con l'inizio dell'anno accademico successivo, dunque dal 1°.11.56, Rodolfo Pallucchini ottenne il trasferimento da Bologna a Padova, come professore ordinario di Storia dell'arte moderna. Così, come sopra accennato, il magistero di Fiocco passava a due dei suoi allievi: Bettini, lo specialista del tardoantico e del bizantino, ma anche il "filosofo", che intendeva approfondire criticamente la sua metodologia e la sua riflessione sull'arte, anche con un notevole interesse per i fatti contemporanei; Pallucchini, il grande conoscitore della pittura veneziana soprattutto di età moderna e il suo interprete storico, sempre interessato all'organizzazione culturale (ricoperse, tra le numerose cariche, pure quella di Segretario generale della Biennale di Venezia e di Presidente del Centro Internazionale di Storia dell'architettura "Andrea Palladio" di Vicenza). Due grandi maestri, due diverse mentalità che seppero convivere creando quel pluralismo culturale che ancora oggi contraddistingue il Dipartimento di Padova.
Durante il periodo di Bettini e Pallucchini gli studi storico-artistici ebbero un notevolissimo sviluppo, anche con l'attivazione di nuovi importanti insegnamenti.
Accanto all'insegnamento di Archeologia cristiana, che era stato di Bettini (e fu tenuto per qualche tempo, prima per incarico poi per cattedra, da Paolo Lino Zovatto), sono stati attivati nell'arco approssimativo degli anni '60-'70: Storia dell'arte contemporanea (con Dino Formaggio e con Umbro Apollonio); Storia dell'architettura e dell'urbanistica (con Leonello Puppi); Storia dell'arte moderna, per il corso di laurea in Lingue (con Terisio Pignatti e poi con Franca Zava); Museografia (con Pignatti e poi con Giordana Canova Mariani); Storia dell'arte fiamminga e olandese (con Caterina Virdis Limentani); Storia dell'arte bizantina (con Italo Furlan); Storia della critica d'arte (prima con Sergio Bettini poi con Franco Bernabei); e, per qualche tempo, Storia dell'arte musulmana e copta (prima ancora con Sergio Bettini, poi con Ernst J. Grube); per il corso di Laurea in Materie letterarie della Facoltà di Magistero: Storia delle arti minori e Storia della miniatura (con Giordana Mariani Canova) e Storia dell'arte veneta (con Michelangelo Muraro).
Si procedette anche allo sdoppiamento degli insegnamenti più frequentati dagli studenti di Lettere (Storia dell'arte medievale con Giovanni Lorenzoni e Storia dell'arte moderna con Alessandro Ballarin) e, in età più recente, all'attivazione di altri insegnamenti, come Storia dell'arte medievale per il corso di laurea in Lingue (con Enrica Cozzi) e da ultimo Storia delle tecniche artistiche e del restauro (con Elisabetta Saccomani) per il corso di Lettere.
Quando andarono fuori ruolo Sergio Bettini (1975) e Rodolfo Pallucchini (1979), l'Istituto era già costituito da una gamma di insegnamenti assai articolata e complessa come ancora oggi ben si nota. Di fatto, dalla struttura nata in quegli anni ha origine il Dipartimento attuale, per quanto riguarda le materie storico-artistiche.

Nel 1954 fu attivato presso la Facoltà di Lettere e Filosofia il primo insegnamento di Storia della musica, dopo alcuni corsi liberi tenuti dal prof. Andrea d'Angeli, come Libero docente, nell'arco di tempo che va dal 1920 al 1940.
Il primo ad avere l'incarico fu Raffaele Cumar, il quale insegnò per un decennio, dal '54 al '64, insistendo sull'aspetto teorico della struttura musicale, ma anche con approfondimenti storici dall'ambito veneziano del secolo XVI, al repertorio sette-ottocentesco e al contemporaneo, con Malipiero. Dal 1964 al 1978 tenne l'insegnamento Fabio Fano, che fu specialista di storia della musica tra settecento e ottocento da Bach, Händel e Mozart al Romanticismo.
Quindi, dopo l'incarico, fu associato ed è professore ordinario Giulio Cattin i cui corsi sono stati e sono, per lo più, in parallelo con le sue ricerche in campo medievale e rinascimentale. Da qualche tempo sono stati attivati gli insegnamenti di Filologia musicale (con Sergio Durante) e di Storia della poesia per musica nei paesi europei (con Bruno Brizi).
Sia Cumar, che Fano e poi Cattin facevano capo all'Istituto di Storia dell'arte.

Presso l'Istituto di Storia dell'arte fu attivata per molti anni la sezione storico-artistica della Scuola storico-filologica delle Venezie, una delle prime Scuole di perfezionamento. Negli anni '50 erano docenti: Giuseppe Fiocco di Storia dell'arte veneta, Sergio Bettini di Storia dell'arte bizantina, Giovanni Battista Brusin di Archeologia delle Venezie, Nicola Ivanoff di Storia della critica d'arte e Oscar Ulrich Bansa di Numismatica. Successivamente essa fu trasformata in Scuola di perfezionamento in Storia dell'arte. Fu quindi soppressa, come tutte le scuole di perfezionamento, ed ora è stata chiesta l'attivazione della nuova Scuola di Specializzazione.
Dal 1984, dunque prima presso l'Istituto di Storia dell'arte e poi presso il Dipartimento, è costituito il "Concentus Musicus Patavinus", Centro di studi, ricerche e formazione musicale, che di recente ha contribuito alla costituzione del CIRM (Centro Interdipartimentale di Ricerche Musicali). Esso è sorto con un duplice scopo: la promozione di studi musicologici attraverso ricerche storiche soprattutto di ambito veneto e la formazione musicale, che ha condotto alla creazione di un'orchestra e di un gruppo corale: ambedue si sono da tempo affermati con successo, grazie alla loro attività concertistica a Padova e in altre città.
Fanno inoltre capo al Dipartimento l'Associazione Veneta per la Ricerca delle Fonti Musicali e il periodico "Rassegna Veneta di studi musicali", pubblicato in collaborazione con il Dipartimento di Storia e critica delle Arti "Giuseppe Mazzariol" dell'Università di Venezia, con il determinante contributo finanziario della Giunta Regionale del Veneto.